Epoca barocă a dat configurația de azi a acestui ansamblu. După sfârşitul Principatului, administrația habsburgică schimbă pentru a doua oară statutul acestui palat în funcție de strategia lor de ocupare. Este momentul în care ansamblul se desparte în două mari părți, la vest și la est, și se distanțează una de alta cât grosimea unei străzi. Astfel semnalăm dispariția definitivă a unei “piese” din ansamblul inițial, curtea interioară din mijlocul vechii structuri a palatului. Noul corp vestic este atribuit reînființatei episcopii catolice, iar corpul estic este folosit acum pentru nevoile armatei imperiului. Imaginea princiară a palatului se pierde definitiv în aspectul milităresc aflat într-un evident conflict cu eleganța stilului renascentist. Barocul de factură provincială a ocupat cetatea odată cu armata imperiului.

Într-o primă etapă, corpurile de clădiri care compun ansamblul de la răsărit au fost dedicate în totalitate Arsenalului urmând ca, după o amplă reconstrucție din anii 1817-1823, în acest ansamblu să fie amenajată şi Cazarma Artileriei. Această regândire a spațiilor aduce modificări pe care unii le consideră nefericite. De exemplu, s-au recompartimentat Sala Dietei și Sala Tablei princiare, scara festivă își pierde amplitudinea, magazinele pline de viață ale comercianţilor, aflate pe latura exterioară a corpului actualului muzeu, sunt total modificate. De o soartă asemănătoare au avut parte și fostele grajduri ale principelui Gabriel Bethlen care au fost demolate.

Între timp, imaginați-vă un ansamblu de corpuri aşezate în formă de careu. Latura de nord, care cuprinde şi muzeul nostru, a fost prelungită dincolo de latura de est de odinioară. Așa a apărut o nouă aripă estică, cu o nouă funcțiune, de sediu al ofițerilor artileriei și, evident, o nouă curte interioară prin închiderea acestei laturi estice cu cea sudică, de asemenea prelungită.

Alte elemente tipice care ne ajută să recunoaștem prezența stilului baroc în acest palat sunt coridoarele cu arcade deschise, prezente în zona noii curți cu corpuri dedicate armatei.