A római kor után a terület lakottsága meglehetősen felületes. A XIII. Gemina légió elhagyta a tartományt, hátrahagyva néhány veteránt, akik úgy döntöttek, hogy itt maradnak. A társadalom már nem növekszik ugyanolyan ütemben, a barbárok beözönlenek, ezért rendkívül nehéz volt fenntarthatóan és stabilan építkezni.

Amikor a civilizáció stagnál, kevés olyan információhoz jutunk, amellyel megfejthetjük és megérthetjük az akkori emberek életét és viselkedését (4-10. század). A római kor utáni időszakra vonatkozóan néhány települési nyomot (földbe ásott házak) és szerveződést fedeztek fel, többek között az egykori légiós erőd területén. A római kori erődítmények megmaradtak a lakosok védelmére, újakkal kiegészítve. A 9-10. században jelenik meg az egykori római erőd fehér falai által ihletett “Bălgrad” (Fehér vár) szláv elnevezés.

Ezt követően évekig tartó űr húzódik a magyar betelepülés (10. század) és az Árpád-házi dinasztia alatti magyar királyság kialakulásáig (1000-1301). Az egykori római erőd dél-nyugati sarkában lakóházak jelennek meg, amelyek az erődben lévő első püspöki rezidencia együttesnek részét képezik. Megépül az első Római Katolikus Székesegyház (11-12. század). A település lassan egy vár képét ölti magára, változatos belső építményekkel, amelyek bizonytalan városfejlődésre utalnak.

A 12. század után a település egy középkori város hangulatát kezdi felvenni, különösen azután, hogy püspöki székhellyé válik, és oklevéllel rendelkezik. A főpapok testületéhez tisztviselők csatlakoztak, akik mind a püspök szolgálatába álltak. A város és a későbbi fejedelmi palota sorsa a római katolikus székesegyház újabb bővitésével (13. század) és az új püspöki palotához csatolt első épület építésével (13. század vége) függ össze. A “gótikus épülettest” elnyelte az első püspöki palota régi harangtornyát, amely eltűnt és most az épületegyüttesnek abban a részében látható, ahol ma a Gyulafehérvári Római Katolikus Érsekség található.

1460 és 1470 között a püspöki palotával párhuzamosan, attól keletre, egy másik középkori épületet emeltek, amely az egyházi életre jellemző funkciókkal rendelkezett és amelyet az elöljárók vezetője, az úgynevezett prépost foglalt el (a Prépostság Palotája).

Ettől az időszaktól kezdve, amíg a reneszánsz humanista szellemiség, művészetével és filozófiájával együtt be nem hatolt Erdélybe, nem találtak releváns régészeti kontextust biztosító épületnyomot.

Mindez azonban megváltozott, amikor Gyulafehérvárra érkezett egy olyan személy, aki döntő nyomot hagyott az Erdélyi Fejedelemség történetében. Jagelló Izabellának hívták, és ő volt Magyarország megözvegyült királynéja, akit a török szultán elűzött budai székhelyéről.