A barokk korszak adta ennek az együttesnek a mai képét. A fejedelemség megszűnése után a Habsburg vezetésnek megszállási stratégiájának megfelelően másodszor is megváltoztatta ennek a palotának a státuszát. Az együttes két nagy, nyugati és keleti részre oszlott, majd egymástól egy utcával elválasztották. Ezzel végleg eltűnt az eredeti együttes egyik „darabja”, a régi palotaépület közepén lévő belső udvar. Az új nyugati épületet az újjáalakult katolikus püspökséghez rendelték, míg a keleti épületet a birodalmi hadsereg igényeinek megfelelően használták. A palota fejedelmi arculata végleg elvész a katonai aspektusban, amely nyilvánvaló ellentétben áll a reneszánsz stílus eleganciájával. A provinciális barokk, a birodalom hadseregével együtt átvette az erődítményt.

Az első szakaszban a keleti együttest alkotó épületek teljes egészében az Lőszertárnak voltak szentelve, majd az 1817-1823-as nagyszabású átépítés után a Tüzérségi Laktanya is ebben az együttesben épült. A terek újragondolása olyan változásokat hozott, amelyeket egyesek szerencsétlennek tartanak. Például a Diétatermet és a Fejedelmi Tábla termét újra felosztották, az ünnepélyes lépcső elveszíti varázsát, és a jelenlegi múzeumépület külső oldalán lévő élénk kereskedőházak teljesen átalakultak. Hasonló sorsra jutottak Bethlen Gábor fejedelem egykori istállói is, amelyeket lebontottak.

Mindeközben képzeljünk el négyzet alakú épületeket. Az északi oldal, amely a mi múzeumunkat is magába foglalja, a korábbi keleti oldalon meg lett hosszabbítva. Így egy új keleti szárny jött létre, amely egy új funkciót kapott, a tüzérségi tisztek főhadiszállását, és természetesen egy új belső udvart, azáltal, hogy ezt a keleti oldalt a szintén meghosszabbított déli oldallal zárták be.

A barokk stílus jelenlétét a palotában felismerhetjük a nyitott boltíves folyosókon is, amelyek a hadseregnek szentelt új udvar és a hadtestek területén találhatók.