După epoca romană, ocuparea zonei este destul de superficială. Legiunea XIII Gemina a părăsit provincia lăsând în urmă câțiva veterani care au hotărât să rămână aici. Civilizația nu mai are același ritm de dezvoltare, barbarii dau năvală în valuri, motiv pentru care era extrem de dificil să construiești durabil și constant.

Când civilizația stagnează, primim puține informații cu ajutorul cărora să putem descifra și înţelege viața și comportamentele oamenilor din acele vremuri (sec. IV-X). Pentru perioada post-romană s-au descoperit câteva urme de locuire (case săpate în pământ, bordeie) și de organizare care cuprindeau și platoul fostului castru legionar. Fortificațiile romane au rămas în continuare să asigure apărarea locuitorilor completate cu altele noi. În sec. IX-X apare toponimul „Bălgrad” (Cetatea Albă), nume slav inspirat de zidurile albe ale fostului castru roman.

Ulterior, un gol se întinde ani buni până în perioada stabilirii maghiarilor (sec. X) și formarea regatului maghiar sub dinastia arpadiană (1000-1301). Cu timpul apar în colțul de sud-vest al fostului castru roman locuințe care fac parte din ansamblul primei reședințe episcopale din cetate. Tot în această perioadă, se ridică prima Catedrală romano-catolică (sec. XI-XII).

Locul capătă uşor imaginea unei cetăți cu structuri interioare variate care indică însă o evoluție urbană precară.

După sec. al XII-lea, orașul începe să capete un aer medieval, mai ales după ce acesta devine sediu episcopal atestat. Corpului de înalți prelați i se alătură funcționarii care erau puși cu toții în slujba episcopului. Destinul oraşului și al viitorului Palat al Principilor se leagă de noua construcție a Catedralei Romano-Catolice (sec. XIII) și de zidirea primului corp de clădire (sfârşitul sec. al XIII-lea) arondat noului Palat Episcopal. El este denumit “corpul gotic”, a inclus în structura sa şi vechiul turn clopotniță din primul Palat Episcopal dispărut și se poate repera acum în partea de ansamblu unde funcționează azi Arhiepiscopia romano-catolică a Albei Iulia.

Între anii 1460-1470, în paralel cu Palatul Episcopal, înspre est, se înalță un alt corp medieval cu funcțiuni specifice vieții clericale ocupat de conducătorul acestor înalți prelați, numit prepozit (Palatul Prepozitului).

Din acest moment şi până la pătrunderea în Transilvania a spiritului umanist al Renaşterii, împreună cu arta și filosofia sa, nu au mai fost surprinse urme de construcții care să ofere un context arheologic relevant.

Totul se schimbă însă odată cu venirea în Alba Iulia a unei persoane care a marcat decisiv istoria Principatului Transilvaniei. Numele ei era Isabella Jagiello și era regina văduvă a Ungariei, alungată din sediul său de la Buda de către sultanul turc.